Publikace
-
2024
VELECKÝ Jan, BEREZNÝ Matej, MUSIL Miloš, MAZURENKO Stanislav, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors. Bioinformatics, roč. 2024, č. 9, s. 1-8. ISSN 1367-4803.
Detail -
2023
POLJOVKA Andrej, MUSIL Miloš, BEDNÁŘ David, CHOVANOVÁ Katarína, BAUEROVÁ-HLINKOVÁ Vladena, BELLOVÁ Jana, KOHÚTOVÁ Lenka, BARÁTH Peter a ZÁMOCKÝ Marcel. Comparison of Fungal Thermophilic and Mesophilic Catalase-Peroxidases for Their Antioxidative Properties. Antioxidants, roč. 12, č. 7, 2023, s. 1-19. ISSN 2076-3921.
DetailMUSIL Miloš, JEŽÍK Andrej, BORKO Simeon, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. FireProt 2.0: Web-based Platform for the Fully-Automated Design of Thermostable Proteins. Lyon, 2023.
DetailMUSIL Miloš, JEŽÍK Andrej, HORÁČKOVÁ Jana, BORKO Simeon, KABOUREK Petr, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. FireProt 2.0: Web-based Platform for the Fully-Automated Design of Thermostable Proteins. Briefings in Bioinformatics, roč. 25, č. 1, 2023, s. 1-10. ISSN 1467-5463.
Detail -
2022
ZÁMOCKÝ Marcel, MUSIL Miloš, BANCHENKO Maksym, FERIANC Peter, CHOVANOVÁ Katarína, BARÁTH Peter, POLJOVKA Andrej a BEDNÁŘ David. Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases. Biology, roč. 11, č. 3, 2022, s. 1-18. ISSN 2079-7737.
DetailMUSIL Miloš, JEŽÍK Andrej, HAMŠÍKOVÁ Marie, ŠTOURAČ Jan, GALGONEK Jakub, EYRILMEZ Saltuk Mustafa, VONDRÁŠEK Jiří, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web. Computational and Structural Biotechnology Journal, roč. 20, č. 1, 2022, s. 6512-6518. ISSN 2001-0370.
DetailVELECKÝ Jan, HAMŠÍKOVÁ Marie, ŠTOURAČ Jan, MUSIL Miloš, DAMBORSKÝ Jiří, BEDNÁŘ David a MAZURENKO Stanislav. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal, roč. 20, č. 1, 2022, s. 6339-6347. ISSN 2001-0370.
Detail -
2021
PLANAS-IGLESIAS Joan, PINTO Gaspar P., MARQUES Sergio M., MUSIL Miloš, DAMBORSKÝ Jiří, ŠTOURAČ Jan a BEDNÁŘ David. Computational design of enzymes for biotechnological applications. Biotechnology Advances, roč. 47, č. 1, 2021, s. 1-22. ISSN 0734-9750.
DetailKHAN Rayyan T., MUSIL Miloš, ŠTOURAČ Jan, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR. Current Protocols, roč. 1, č. 2, 2021, s. 1-5. ISSN 1934-3396.
Detail -
2020
MUSIL Miloš, KHAN Rayyan T., BEIER Andy, ŠTOURAČ Jan, KONEGGER Hannes, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction. Briefings in Bioinformatics, roč. 22, č. 4, 2020, s. 1-11. ISSN 1467-5463.
DetailŠTOURAČ Jan, DÚBRAVA Juraj Ondrej, MUSIL Miloš, HORÁČKOVÁ Jana, MAZURENKO Stanislav, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. FireProtDB: Database of Manually Curated Protein Stability Data. Nucleic Acids Research, roč. 49, č. 1, 2020, s. 319-324. ISSN 1362-4962.
Detail -
2019
MUSIL Miloš, KONEGGER Hannes, HON Jiří, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts. ACS Catalysis, roč. 9, č. 2, 2019, s. 1033-1054. ISSN 2155-5435.
Detail -
2018
BEERENS Koen, MAZURENKO Stanislav, KUNKA Antonín, MARQUES Sergio M., HANSEN Niels, MUSIL Miloš, CHALOUPKOVÁ Radka, WATERMAN Jitka, BREZOVSKÝ Jan, BEDNÁŘ David, PROKOP Zbyněk a DAMBORSKÝ Jiří. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization. ACS Catalysis, roč. 2018, č. 8, s. 9420-9428. ISSN 2155-5435.
DetailMUSIL Miloš, MARTÍNEK Tomáš a ZENDULKA Jaroslav. FireProt: web server for automated design of thermostable proteins. In: DAZ & WIKT 2018 Proceedings. Brno, 2018, s. 1-4.
Detail -
2017
MUSIL Miloš, ŠTOURAČ Jan, BENDL Jaroslav, BREZOVSKÝ Jan, PROKOP Zbyněk, ZENDULKA Jaroslav, MARTÍNEK Tomáš, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. FireProt: web server for automated design of thermostable proteins. Nucleic Acids Research, roč. 45, č. 1, 2017, s. 393-399. ISSN 1362-4962.
Detail -
2016
BENDL Jaroslav, ŠTOURAČ Jan, ŠEBESTOVÁ Eva, VÁVRA Ondřej, MUSIL Miloš, BREZOVSKÝ Jan a DAMBORSKÝ Jiří. HotSpot Wizard 2.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries. Nucleic Acids Research, roč. 44, č. 1, 2016, s. 479-487. ISSN 1362-4962.
DetailBENDL Jaroslav, MUSIL Miloš, ŠTOURAČ Jan, ZENDULKA Jaroslav, DAMBORSKÝ Jiří a BREZOVSKÝ Jan. PredictSNP2: A Unified Platform for Accurately Evaluating SNP Effects by Exploiting the Different Characteristics of Variants in Distinct Genomic Regions. PLoS Computational Biology, roč. 12, č. 5, 2016, s. 1-18. ISSN 1553-7358.
Detail