R/Bioconductor package for identification of triplex-forming sequences

R/Bioconductor balíček pro identifikaci sekvencí tvořících triplex

software

podle podmínek - zdarma

Hon Jiří, Ing. (FIT VUT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (FI MUNI)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Rajdl Kamil, Mgr. (FI MUNI)

Tento balíček poskytuje funkce pro identifikaci a vizualizaci potencionálních intramolekulární triplexů v DNA sekvencích. Hlavní funkcí tohoto balíčku je vyhledávání pozic podřetězců schopných schopných se sbalit do intramolekulárních triplexů (H-DNA) v rozsáhlých sekvencích. Potencionální H-DNA (triplexy) jsou tvořeny z co nejvíce kanonických nukleotidových tripletů. Balíček zahrnuje i vizualizaci nalezených výsledků ve 1D, 2D nebo 3D formě.

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/triplex.html

Volně šiřitelný software poskytovaný pod licencí BSD (přesné znění licence je dostupné na stránce http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php).

Centrum excelence IT4Innovations (ED1.1.00/02.0070)
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti (MSM0021630528)

Fakulta informačních technologií VUT v Brně (FIT VUT)
Fakulta informatiky MU (FI MUNI)