Detail produktu
SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli
Vznik: 2021
Název česky
SoluProt: predikce rozpustné exprese proteinů v Escherichia coli
Typ
software
Licence
Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence
Licenční poplatek
Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Marušiak Martin, Ing.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D.
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Bednář David
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Marušiak Martin, Ing.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D.
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Bednář David
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Klíčová slova
protein solubility, machine-learning
Popis
Byl vytvořen nový nástroj SoluProt pro predikci rozpustné exprese v organismu Escherichia coli s použitím metody gradient boosting machine a databáze TargetTrack jako trénovací sady. Srovnání na nezávislé vyvážené datové sadě odvozené z databáze NESG ukázalo vyšší přesnost (58,4%) a AUC (0.62) nástroje SoluProt oproti existujícím nástrojům. Ukázalo se, že SoluProt dokáže významně zvýšit úspěšnost laboratorních proteinových studií. SoluProt je volně k dispozici jako samostatně spustitelný software a uživatelsky přívětivý webový server na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/.
Umístění
Projekty
Metody AI pro zabezpečení kybernetického prostoru a řídicí systémy, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-20-6293, zahájení: 2020-03-01, ukončení: 2023-02-28, ukončen
Pracoviště
Ústav informačních systémů
(UIFS)