Detail projektu

Biomarker - Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů

Období řešení: 1. 7. 2006 - 30. 6. 2011

Typ projektu: grant

Kód: 2B06052

Agentura: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy České republiky

Program: Zdravý a kvalitní život

Název anglicky
Biomarker - Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images
Typ
grant
Klíčová slova

zpracování obrazu, bioinformatika

Abstrakt

Předmětem výzkumu jsou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomáhají při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměřujeme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a možnost vysokého stupně automatizace. Zkoumány jsou možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality, mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace analýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt je realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.

Řešitelé
Smrž Pavel, doc. RNDr., Ph.D. (UPGM FIT VUT) , hlavní řešitel
Zemčík Pavel, prof. Dr. Ing. (UPGM FIT VUT) , spoluřešitel
Publikace

2012

  • SEEMAN Michal a ZEMČÍK Pavel. Histogram Smoothing for Bilateral Filter. In: GraVisMa 2009. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2012, s. 145-148. ISBN 978-80-86943-90-9. Detail

2011

  • ZEMČÍK Pavel, PŘIBYL Bronislav, HEROUT Adam a SEEMAN Michal. Accelerated Image Resampling for Geometry Correction. Journal of Real-Time Image Processing, roč. 6, č. 3, 2011, s. 1-9. ISSN 1861-8200. Detail
  • ZEMČÍK Pavel, PŘIBYL Bronislav, ŽÁDNÍK Martin a KORČEK Pavol. Fast and Energy Efficient Image Processing Algorithms using FPGA. In: Proceedings of the 21th Conference on Field Programmable Logic and Applications Workshop. Chania: Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, s. 2. ISBN 978-0-7695-4529-5. Detail
  • SEEMAN Michal, ZEMČÍK Pavel, JURÁNEK Roman a HEROUT Adam. Rychlý bilaterální filtr pro zpracování HDR obrazů. Journal of Visual Communication and Image Representation, roč. 2012, č. 1, 2011, s. 6. ISSN 1047-3203. Detail
  • PŘIBYL Bronislav a ZEMČÍK Pavel. Simple Single View Scene Calibration. In: Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems. Lecture Notes in Computer Science. Ghent: Springer Verlag, 2011, s. 748-759. ISBN 978-3-642-23686-0. ISSN 0302-9743. Detail

2010

  • ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Combination of Logistic Regression and Boosting to Predict Disease Outcome. Applied Statistics 2010 International Conference. Ribno, Bled, 2010. ISBN 978-961-92487-4-4. Detail
  • ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Gene Ontology Driven Feature Filtering from Microarray Data. In: Znalosti 2010. 9th Annual Conference, Jindřichův Hradec. Jindřichův Hradec, 2010, s. 263-266. ISBN 978-80-245-1636-3. Detail
  • ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Improved Disease Outcome Prediction Based on Microarray and Clinical Data Combination and Pre-validation. In: Biomedical Engineering Systems and Technologies. Valencia: Springer Verlag, 2010, s. 36-41. ISBN 978-3-540-92218-6. Detail

2009

  • ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Additional Predictive Value of Microarray Data Compared to Clinical Variables. In: PRIB 2009, 4th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics. Sheffield: University of Sheffield, 2009, s. 1-6. ISBN 978-0-9563399-0-4. Detail

2008

  • SMRŽ Pavel, ŠILHAVÁ Jana, KLÉMA Jiří a ŽELEZNÝ Filip. Gene Expression Data Mining Guided by Genomic Background Knowledge. In: SOFSEM 2008: Theory and Practice of Computer Science. Nový Smokovec: Springer Verlag, 2008, s. 101-111. ISBN 978-80-7097-697-5. Detail
  • HRADIŠ Michal, HEROUT Adam a ZEMČÍK Pavel. Local Rank Patterns - Novel Features for Rapid Object Detection. In: Proceedings of International Conference on Computer Vision and Graphics 2008. Lecture Notes in Computer Science. Heidelberg: Springer Verlag, 2008, s. 1-12. ISSN 0302-9743. Detail

2007

  • SMRŽ Pavel a ŠILHAVÁ Jana. A Framework for Microarray Data Mining and Processing. In: Information and Intelligent Systems. 18th International Conference. Varaždin, 2007, s. 337-343. ISBN 978-953-607130-2. Detail
  • PŘIBYL Bronislav a SEEMAN Michal. Precise Image Resampling for Optics Geometry Correction. In: Digital Technologies 2007. Žilina: Elektrotechnická fakulta Žilinskej Univerzity v Žiline, 2007, s. 1-6. Detail
Produkty

2011

  • Nástroj pro iterativní filtraci obrazu za použití dekonvolučních metod, software, 2011
    Autoři: Štancl Vít Detail

2009

  • Generátor algebraických výrazů pro klasifikaci, software, 2009
    Autoři: Juránek Roman, Zemčík Pavel Detail

2008

  • Rychlý bilaterální filtr, software, 2008
    Autoři: Seeman Michal, Zemčík Pavel Detail

2007

  • Analýza objemových dat, software, 2007
    Autoři: Seeman Michal Detail
  • Separabilní převzorkování, software, 2007
    Autoři: Přibyl Bronislav, Seeman Michal, Zemčík Pavel Detail
Nahoru