Detail publikace

pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm

LABUDOVÁ Dominika, HON Jiří a LEXA Matej. pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm. Bioinformatics, roč. 36, č. 8, 2020, s. 2584-2586. ISSN 1367-4803.
Název česky
pqsfinder web: identifikace G-kvadruplexů pomocí optimalizovaného algoritmu pqsfinder
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Labudová Dominika, Bc. (FIT VUT)
Hon Jiří, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Abstrakt

Motivace: G-kvadruplex je speciální DNA struktura složená z několika rovinných systémů čtyř guaninových bází, navzájem pootočených o 90° a pospojovaných vodíkovými můstky. Tato netypická struktura je považována za důležitou součást genomů živých organismů. Detekce G-kvadruplexů in vivo je v současnosti obtížná, proto existují výpočetní metody pro hledání potenciálních oblastí, které by mohly tvořit G-kvadruplexy (tzv. PQS). Již dříve jsme vyvinuli algoritmus pqsfinder pro identifikaci PQS v genomech a publikovali jej jako balíček v systému Bioconductor. S ohledem na zpětnou vazbu jsme ale hledali způsob, jak pqsfinder dále vylepšit.
Výsledky: Identifikovali jsme dvě cesty jak pqsfinder optimalizovat. Za prvé jsme upravili jádro rekurzivního algoritmu tak, aby nebylo nutné identifikovat a ohodnocovat mnoho nekvalitních konformací PQS, které jsou stejně v dalších krocích zahozeny. Za druhé jsme vytvořili webovou aplikaci, která umožňuje spouštění algoritmu pqsfinder široké skupině uživatelů bez nutnosti znát jazyk R a prostředí Bioconductoru.

Rok
2020
Strany
2584-2586
Časopis
Bioinformatics, roč. 36, č. 8, ISSN 1367-4803
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
10.1093/bioinformatics/btz928
UT WoS
000537473400037
EID Scopus
2-s2.0-85084028047
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB12079,
   author = "Dominika Labudov\'{a} and Ji\v{r}\'{i} Hon and Matej Lexa",
   title = "pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm",
   pages = "2584--2586",
   journal = "Bioinformatics",
   volume = 36,
   number = 8,
   year = 2020,
   ISSN = "1367-4803",
   doi = "10.1093/bioinformatics/btz928",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/12079"
}
Nahoru