Detail publikace

FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction

MUSIL Miloš, KHAN Rayyan T., BEIER Andy, ŠTOURAČ Jan, KONEGGER Hannes, DAMBORSKÝ Jiří a BEDNÁŘ David. FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction. Briefings in Bioinformatics, roč. 22, č. 4, 2020, s. 1-11. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbaa337/6042664
Název česky
FireProt-ASR: web server pro plně automatizovanou ancestrální rekonstrukci
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Khan Rayyan T., M.Sc. (LL)
Beier Andy, Dr. (LL)
Štourač Jan (LL)
Konegger Hannes (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
URL
Klíčová slova

ancestrální rekonstrukce sekvencí, ancestrální enzymy, evoluce, fylogenetická analýza, stabilita proteinů

Abstrakt

V posledních letech vyvstal velký zájem o stabilizaci proteinů pro jejich využití v biotechnologiích a medicíně. Bohužel, proteiny vyskytující se v přírodě se vyvinuly tak, aby fungovaly v mírných podmínkách. Ancestrální rekonstrukce je dobře ustanovená metoda, která umožňuje dedukovat evoluční historii genů. Kromě jejího využití k objevu nejvíce pravděpodobných společných předků může být použita i ke stabilizaci proteinů. V posledních letech bylo vyvinuto množství nástrojů, které zpřístupňují ancestrální rekonstrukci širší komunitě. Nicméně tyto nástroje ponechávají ty nejvíce kritické body výpočtu v rukou uživatelů. FireProtASR se snaží překonat tuto překážku zavedení plně automatizovaného nástroje, který umožňuje i nezkušeným uživatelům využít přístupu ancestrální rekonstrukce. Nástroj je doplněný o interaktivní uživatelské rozhraní a je zdarma dostupný na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotasr/.

Rok
2020
Strany
1-11
Časopis
Briefings in Bioinformatics, roč. 22, č. 4, ISSN 1467-5463
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
10.1093/bib/bbaa337
UT WoS
000709466800097
EID Scopus
2-s2.0-85100417173
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB12271,
   author = "Milo\v{s} Musil and T. Rayyan Khan and Andy Beier and Jan \v{S}toura\v{c} and Hannes Konegger and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y} and David Bedn\'{a}\v{r}",
   title = "FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction",
   pages = "1--11",
   journal = "Briefings in Bioinformatics",
   volume = 22,
   number = 4,
   year = 2020,
   ISSN = "1467-5463",
   doi = "10.1093/bib/bbaa337",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/12271"
}
Nahoru