Detail publikace

Hardware Acceleration of Approximate Tandem Repeat Detection

MARTÍNEK Tomáš a LEXA Matej. Hardware Acceleration of Approximate Tandem Repeat Detection. In: IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines. Charlotte: IEEE Computer Society, 2010, s. 79-86. ISBN 978-0-7695-4056-6.
Název česky
Hardwarová akcelerace algoritmů pro hledání přibližných tandemových opakování
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
angličtina
Autoři
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (FI MUNI)
Abstrakt

Pochopení struktury a funkce DNA sekvencí reprezentuje jeden z hlavních cílů výzkumu v oblasti moderní biologie. Bohužel, analýza takových-to dat je často komplikována výskytem mutací, které jsou součástí evolučního procesu. Na nejnižší úrovni se tyto mutace vyskytují obvykle ve formě vložení, odstranění nebo záměny znaku. Časová složitost algoritmů pro analýzy DNA sekvencí je v důsledku mutací vyšší, což brání v jejich praktickému použití. Mezi skupinu těchto algoritmů také patří metody pro hledání tandemových opakování s možným výskytem chyb - přibližných tandemových opakování. Tento článek zkoumá možnosti hardwarové akcelerace algoritmů pro hledání přibližných tandemů a popisuje parametrizovatelnou architekturu vhodnou pro čipy s technologií FPGA. Navrhovaná architektura je schopna detekovat tandemy s oběma typy chyb a neomezuje délku detekovaných tandemů. Prototyp obvodu byl implementován v jazyce VHDL a syntetizován do technologie Virtex5. Její ohodnocení na sadě testovacích sekvencí ukazuje, že obvod je schopen dosáhnout zrychlení v řádu tisíců ve srovnání s nejlepším známým algoritmem využívajícím suffixová pole.

Rok
2010
Strany
79-86
Sborník
IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines
Konference
The 18th Annual International IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines, Charlotte, North Carolina, US
ISBN
978-0-7695-4056-6
Vydavatel
IEEE Computer Society
Místo
Charlotte, US
DOI
10.1109/FCCM.2010.21
BibTeX 
@INPROCEEDINGS{FITPUB9221,
   author = "Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Matej Lexa",
   title = "Hardware Acceleration of Approximate Tandem Repeat Detection",
   pages = "79--86",
   booktitle = "IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines",
   year = 2010,
   location = "Charlotte, US",
   publisher = "IEEE Computer Society",
   ISBN = "978-0-7695-4056-6",
   doi = "10.1109/FCCM.2010.21",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/9221"
}
Soubory
Nahoru