Detail publikace
Clustering Techniques for Protein Fragments Analysis
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Struktura proteinů, databáze struktur proteinů, shlukování založené na hustotě, sekvenčně-strukturní vztahy v proteinech, shlukování proteinových fragmentů, predikce struktury proteinů, hledání sekvenčně-strukturních fragmentů.
V této knize představujeme novou metodu pro shlukování proteinových substruktur, kterou jsme vyvinuli za účelem studia vztahů mezi sekvencí a strukturou proteinů. Popisujeme zde některé vlastnosti navržené metody a experimentální výsledky získané analýzou reálných dat z databáze PDB (Protein Data Bank). Dále jsou zde uvedeny výsledky srovnání navržené metody s metodami, které se pro shlukování proteinových struktur používají nejčastěji. Hlavními výhodami navržené metody jsou její vysoká efektivita a škálovatelnost. Tyto vlastnosti umožňují provádět rozsáhlé analýzy nad reálnými daty. Na závěr potom představujeme možnost využití navržené metody pro hledání takových sekvenčních profilů, které se v přírodě vyskytují ve více strukturních uspořádáních, ale zároveň je počet těchto uspořádání omezený.
@BOOK{FITPUB9504,
author = "Ivana Burgetov\'{a} and Jaroslav Zendulka and Matej Lexa",
title = "Clustering Techniques for Protein Fragments Analysis",
pages = 102,
year = 2010,
location = "Brno, CZ",
publisher = "Faculty of Information Technology BUT",
ISBN = "978-80-214-4207-8",
language = "english",
url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/9504"
}