Detail publikace

Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements

LEXA, M.; ŠTEFLOVÁ, P.; MARTÍNEK, T.; VORLÍČKOVÁ, M.; VYSKOT, B.; KEJNOVSKÝ, E. Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements. BMC GENOMICS, 2014, vol. 15, no. 1032, p. 1-12. ISSN: 1471-2164.
Název česky
Guaninové kvadruplexy jsou formovány specifickými regiony lidských transponovatelných elementů
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (UPSY)
Šteflová Pavlína
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Vorlíčková Michaela, prof. RNDr., DrSc.
Vyskot Boris, prof. RNDr., DrSc.
Kejnovský Eduard, doc. RNDr., CSc.
URL
Klíčová slova

G4 quadruplex; human transposable elements; circular dichroism; Bioconductor code; bioinformatics

Abstrakt

POZADÍ: Transponovatelné elementy tvoří významnou část eukaryotických genomů. Nedávno, Lexa a spol. (Nucleic Acids Res 42: 968-978, 2014) uvedli, že dlouhé koncové repetice (LTR retrotranspozony) u rostlin často obsahují potenciální sekvence kvadruplexů (PQS) a experimentálně potvrdili jejich schopnost tvořit čtyřvláknovové DNA konformace. VÝSLEDKY: Zde jsme hledali PQS v lidských retroelementech a zjistili, že PQS jsou specificky lokalizovány v 3'-UTR regionech LINE-1 elementů, LTR HERV elementech a jsou silně zastoupeny v určitých regionech SVA elementů. Technikou kruhového dichroismu bylo potvrzeno, že většina PQS přijala monomolekulární nebo bimolekulární guaninovou kvadruplexovou strukturu. Evolučně mladší SVA elementy obsahovaly více PQS než ty starší a jejich náchylnost ke vzniku kvadruplexu byla vyšší. L1 elementy plné délky obsahovaly více PQS než jejich zkrácené varianty; nejvyšší podíl PQS byl nalezen uvnitř aktivních L1 elementů (u rodin PA2 a HS). ZÁVĚRY: Konzervovanost kvadruplexů na určitých pozicích transponovatelných elementů potvrzuje jejich důležitost v rámci jejich životního cyklu. Rostoucí přítomnost kvadruplexů u evolučně mladších rodin LINE-1 a SVA řadí tyto prvky mezi výrazné přispěvatele v rámci současné celo-genomové distribuce kvadruplexů.

Rok
2014
Strany
1–12
Časopis
BMC GENOMICS, roč. 15, č. 1032, ISSN 1471-2164
DOI
10.1186/1471-2164-15-1032
UT WoS
000355992300001
EID Scopus
2-s2.0-84928238522
BibTeX 
@article{BUT119812,
  author="Matej {Lexa} and Pavlína {Šteflová} and Tomáš {Martínek} and Michaela {Vorlíčková} and Boris {Vyskot} and Eduard {Kejnovský}",
  title="Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements",
  journal="BMC GENOMICS",
  year="2014",
  volume="15",
  number="1032",
  pages="1--12",
  doi="10.1186/1471-2164-15-1032",
  issn="1471-2164",
  url="http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/1032"
}
Nahoru