Detail publikace

PredictSNP2: A Unified Platform for Accurately Evaluating SNP Effects by Exploiting the Different Characteristics of Variants in Distinct Genomic Regions

BENDL, J.; MUSIL, M.; ŠTOURAČ, J.; ZENDULKA, J.; DAMBORSKÝ, J.; BREZOVSKÝ, J. PredictSNP2: A Unified Platform for Accurately Evaluating SNP Effects by Exploiting the Different Characteristics of Variants in Distinct Genomic Regions. PLoS Computational Biology, 2016, vol. 12, no. 5, p. 1-18. ISSN: 1553-7358.
Název česky
PredictSNP2: Platforma pro přesné ohodnocení vlivu nukleotidového polymorfizmu využívající specifické charakteristiky variant podle genomických regionů
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Bendl Jaroslav, Ing., Ph.D.
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Štourač Jan
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Brezovský Jan
URL
Klíčová slova

nukleotidový polymorfismus; predikce škodlivosti mutací; SNP predikce; analýza mutací

Abstrakt

Důležitýmposelstvím sekvenovacích projektů je skutečnost, že lidskápopulace vykazuje přibližně 99.9% vzájemné podobnosti. Variacenacházející se ve zbývajících částech genomu určují našiidentitu, trasují naši historii a odkrývají naše dědictví.Přesné určení fenotypicky kauzálních variant hraje klíčovouroli v poskytnutí přesné personalizované diagnózy, prognózy aléčby dědičných onemocnění. Několik výpočeteních metod prototo určení již bylo vyvinuto. Jejich schopnost prioritizovatpotenciálně škodlivé varianty je limitována skutečností, žejejich mechanismy predikce neberou v potaz existenci odlišnýchkategorií variant. Z toho důvodu je jejich výstup zkreslenýsměrem ke kategoriím variant, které jsou nejčastěji zastoupeny vdatabázích. Nadto, většina metod poskytuje pouze numerické skórea nikoliv binární predikce škodlivosti variant nebo konfidenčnískóre, které je lépe uchopitelné pro většinu uživatelů. Vrámci této studie jsme zkonstruovali tři datasety pokrývajícíodlišné typy s nemocí asociovaných variant, které byly rozdělenydo pěti kategorií: (i) regulační, (ii) sestřihové, (iii)nesynonymní exonické, (iv) synonymní exonické a (v) nesmyslnéexonické. Tyto datasety byly použity pro získáníkategoricky-optimálního dělícího prahu a pro ohodnocení šestinástrojů pro prioritizaci variant: CADD, DANN, FATHMM, FitCons,FunSeq2 a GWAVA. Tato evaluace odhlalila značné zlepšeníkategoricky-optimálního přístupu Výsledky získané na pětinejpřesnějších nástrojů byly kombinovány do podobykonsenzuálního skóre. Následná komparativní analýza ukázala,že v případě nesmyslných variant dosahovaly aminokyselinovéprediktory vyšších úspěšností než nukleotidové. Webovérozhraní poskytuje snadný přístup k výsledkům těchto nástrojůa také k výsledkům naší konsenzuální funkce. Rozhraní zároveňnabízí přímé vstupy do osmi databází relevantních provyšetřované mutace. Webový server je volně dostupný akademickékomunitě na adrese http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp2.

Rok
2016
Strany
1–18
Časopis
PLoS Computational Biology, roč. 12, č. 5, ISSN 1553-7358
DOI
10.1371/journal.pcbi.1004962
UT WoS
000379348100043
EID Scopus
2-s2.0-84975801185
BibTeX 
@article{BUT133488,
  author="Jaroslav {Bendl} and Miloš {Musil} and Jan {Štourač} and Jaroslav {Zendulka} and Jiří {Damborský} and Jan {Brezovský}",
  title="PredictSNP2: A Unified Platform for Accurately Evaluating SNP Effects by Exploiting the Different Characteristics of Variants in Distinct Genomic Regions",
  journal="PLoS Computational Biology",
  year="2016",
  volume="12",
  number="5",
  pages="1--18",
  doi="10.1371/journal.pcbi.1004962",
  issn="1553-7358",
  url="http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004962"
}
Nahoru