Detail publikace

Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics

VASINA, M.; VANACEK, P.; HON, J.; KOVAR, D.; FALDYNOVA, H.; KUNKA, A.; BURYSKA, T.; BADENHORST, C.; MAZURENKO, S.; BEDNÁŘ, D.; STAVRAKIS, S.; BORNSCHEUER, U.; DEMELLO, A.; DAMBORSKÝ, J.; PROKOP, Z. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics. Chem Catalysis, 2022, vol. 2, no. 10, p. 2704-2725. ISSN: 2667-1093.
Název česky
Pokročilé dolování databáze účinných haloalkanových dehalogenů sekvenční a strukturní bionofrmatikou a mikrofluidy
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
VASINA, M.
VANACEK, P.
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
KOVAR, D.
FALDYNOVA, H.
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D.
BURYSKA, T.
BADENHORST, C.
Mazurenko Stanislav, Ph.D.
Bednář David
STAVRAKIS, S.
BORNSCHEUER, U.
DEMELLO, A.
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Prokop Zbyněk
URL
Klíčová slova

biocatalysts; bioinformatics; bioprospecting; enzyme diversity; enzyme mining; global data analysis; haloalkane dehalogenases; microfluidics;

Abstrakt

Sekvenování nové generace zdvojnásobuje genomické databáze každých 2,5 roku. Hromadění sekvenčních dat poskytuje jedinečnou příležitost identifikovat zajímavé biokatalyzátory přímo v databázích bez zdlouhavého a časově náročného inženýrství. Zde představujeme tuby integrující sekvenci a strukturní bioinformatiku s mikrofluidní enzymologií pro bioprospekci účinných a robustních haloalkandehalogenáz. Bioinformatická část identifikovala 2 905 domnělých dehalogenáz a upřednostnila malý, ale chytrý soubor 45 genů poskytujících 40 aktivních enzymů, z nichž 24 bylo biochemicky charakterizováno technikami mikrofluidní enzymologie. Kombinace mikrofluidiky s moderní globální analýzou dat poskytla cenné mechanické poznatky Souvisí to s vysokou katalytickou účinností vybraných enzymů. Celkově jsme zdvojnásobili dehalogenační "soubor nástrojů" charakterizovaný během tří desetiletí, čímž jsme získali biokatalyzátory, které překonávají účinnost v současnosti dostupných enzymů divokého typu a umělých enzymů. Tato tuba je obecně použitelná pro jiné rodiny enzymů a může urychlit identifikaci účinných biokatalyzátorů pro průmyslové použití.

Rok
2022
Strany
2704–2725
Časopis
Chem Catalysis, roč. 2, č. 10, ISSN 2667-1093
DOI
10.1016/j.checat.2022.09.011
UT WoS
000901460400007
EID Scopus
2-s2.0-85140056855
BibTeX 
@article{BUT182526,
  author="VASINA, M. and VANACEK, P. and HON, J. and KOVAR, D. and FALDYNOVA, H. and KUNKA, A. and BURYSKA, T. and BADENHORST, C. and MAZURENKO, S. and BEDNÁŘ, D. and STAVRAKIS, S. and BORNSCHEUER, U. and DEMELLO, A. and DAMBORSKÝ, J. and PROKOP, Z.",
  title="Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics",
  journal="Chem Catalysis",
  year="2022",
  volume="2",
  number="10",
  pages="2704--2725",
  doi="10.1016/j.checat.2022.09.011",
  issn="2667-1093",
  url="https://www.cell.com/chem-catalysis/fulltext/S2667-1093(22)00503-6"
}
Nahoru