Detail publikace

Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching

LEXA, M.; MARTÍNEK, T.; BECK, P.; FUČÍK, O.; VALLE, G.; ZARA, I. Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching. 21st European Conference on Modelling and Simulation. Praha: European Council for Modelling and Simulation, 2007. p. 333-338. ISBN: 978-0-9553018-2-7.
Název česky
Genomická PCR simulace s hardwarovou akcelerací operace hledani podobnosti
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (UPSY)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Beck Patrik, Bc.
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY)
Valle Giorgio
Zara Ivano
Klíčová slova

Virtual PCR; FPGA; sequence alignment; mathematical model

Abstrakt

Uvádíme nejnovějsí vylepšení provedená na programu pro simulaci VPCRreakce, který je nyní přístupný na Internetu. Popisujeme vnitřnístrukturu dynamickeho simulacniho modelu s ohledem na části s nejvyššíčasovou náročností a vlivem na citlivost operace pro porovnávánísekvencí. Záměnou programu BLAST za více ciltivý a rychlejší PRIMEXzískáváme značné vylepšení predikce PCR produktů. Další vylepšenírychlosti výpočtu bylo dosaženo s využitím hardwarové akceleraceoperace pro porovnávání sekvencí na základě podobnosti.

Rok
2007
Strany
333–338
Sborník
21st European Conference on Modelling and Simulation
Konference
21. Evropská konference na modelování a simulace, Praha, CZ
ISBN
978-0-9553018-2-7
Vydavatel
European Council for Modelling and Simulation
Místo
Praha
BibTeX 
@inproceedings{BUT26056,
  author="Matej {Lexa} and Tomáš {Martínek} and Patrik {Beck} and Otto {Fučík} and Giorgio {Valle} and Ivano {Zara}",
  title="Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching",
  booktitle="21st European Conference on Modelling and Simulation",
  year="2007",
  pages="333--338",
  publisher="European Council for Modelling and Simulation",
  address="Praha",
  isbn="978-0-9553018-2-7"
}
Nahoru