Detail předmětu
Pokročilá bioinformatika
Garant předmětu
Jazyk výuky
česky
Zakončení
zkouška
Rozsah
- 20 hod. přednášky
- 13 hod. pc laboratoře
- 6 hod. projekty
Zajišťuje ústav
Ústav počítačových systémů (UPSY)
Literatura studijní
- Jones N.C., Pevzner P.: An introduction to algorithms in bioinformatics. MIT Press, 2004, ISBN 978-0262101066
Osnova přednášek
- Úvod, přehled problematiky
- Různorodost molekulárních a odvozených dat
- Statisticko-informační a lingvistický pohled na bioinformatická data
- Genomy a vybrané způsoby analýzy genomových dat
- UniProt a vybrané způsoby analýzy sekvenčních dat
- Implementace algoritmů pro analýzu biologických sekvencí
- PDB a vybrané způsoby analýzy strukturních dat
- Gene Ontology a vybrané způsoby analýzy funkčních dat
- Integrace dat z více zdrojů v genomice a proteomice
- Nástroje a knihovny pro vývoj softwaru (Biopython)
- Nástroje a knihovny pro vizualizaci (PyMol)
- Bioinformatika a nanotechnologie: Mol. výpočty, sekvenace hybridizací
- Další aktuální trendy
Osnova počítačových cvičení
- Analýza biologických sekvencí (Bioperl, C/C++)
- Další způsoby analýzy biologických sekvencí
- Nástroj Biopython
- Nástroj PyMol
- Tvorba integrovaného výpočetního nástroje
Zařazení předmětu ve studijních plánech