Detail předmětu
Pokročilá bioinformatika
PBI Ak. rok 2012/2013 zimní semestr 4 kredity
V přednáškách se studenti seznámí zejména s oblastmi, kde je možné využívat různorodá molekulární a bioinformatická data. Prostudují možnosti integrace takových dat s cílem řešit konkrétní problémy či vytvářet konkrétní výpočetní nástroje. Učivo bude doplněno příklady z nejnovější vědecké literatury. Na cvičeních budou studenti pracovat na tvorbě vzájemně kompatibilních modulů, jejichž integrací vznikne obecný nástroj (např. pro funkční anotaci, předpověď struktury, vizualizaci fyzikálně-chemických vlastností molekul a pod.).
Garant předmětu
Jazyk výuky
Zakončení
Rozsah
- 20 hod. přednášky
- 13 hod. pc laboratoře
- 6 hod. projekty
Zajišťuje ústav
Získané dovednosti, znalosti a kompetence z předmětu
Seznámení s novými a méně standardními algoritmy, zdokonalení schopnosti navrhnout a implementovat bioinformatický algoritmus.
Hlubší pochopení úlohy počítačů v analýze a prezentaci biologických údajů.
Cíle předmětu
Navázat na předmět BFI - Bioinformatika. Seznámit studenty s vybranými, rychle se rozvíjejícími, či jinak zajímavými oblastmi bioinformatiky, vytvořit prostor pro vytvoření bioinformatického nástroje využívajícího probrané principy.
Požadované prerekvizitní znalosti a dovednosti
Nejsou žádné prerekvizity.
Literatura studijní
- Jones N.C., Pevzner P.: An introduction to algorithms in bioinformatics. MIT Press, 2004, ISBN 978-0262101066
Osnova přednášek
- Úvod, přehled problematiky
- Různorodost molekulárních a odvozených dat
- Genomy a vybrané způsoby analýzy genomových dat
- UniProt a vybrané způsoby analýzy proteinových sekvenčních dat
- Statisticko-informační a lingvistický pohled na bioinformatická data
- Implementace algoritmů pro analýzu biologických sekvencí
- PDB a vybrané způsoby analýzy strukturních dat
- Gene Ontology a vybrané způsoby analýzy funkčních dat
- Integrace dat z více zdrojů v genomice a proteomice
- Nástroje a knihovny pro vývoj softwaru (Biopython)
- Nástroje a knihovny pro vizualizaci (PyMol)
- Bioinformatika a nanotechnologie: Mol. výpočty, sekvenace hybridizací
- Další aktuální trendy
Osnova počítačových cvičení
- Analýza biologických sekvencí
- Genome Browser, Biomart
- Biopython a PyMol
- R/Bioconductor
- Tvorba integrovaného výpočetního nástroje
Průběžná kontrola studia
Hodnocení studia je založeno na bodovacím systému. Pro úspěšné absolvování předmětu je nutno dosáhnout 50 bodů.
Nejsou.
Kontrolovaná výuka
Projekt, úkoly z počítačového cvičení.
Zařazení předmětu ve studijních plánech