Pokročilá bioinformatika

• 20 hod. přednášky
• 13 hod. pc laboratoře
• 6 hod. projekty

• 51 bodů závěrečná zkouška
• 29 bodů laboratoře
• 20 bodů projekty

Seznámení s novými a méně standardními algoritmy, zdokonalení schopnosti navrhnout a implementovat bioinformatický algoritmus.
Hlubší pochopení úlohy počítačů v analýze a prezentaci biologických údajů.

Navázat na předmět BFI - Bioinformatika. Seznámit studenty s vybranými, rychle se rozvíjejícími, či jinak zajímavými oblastmi bioinformatiky, vytvořit prostor pro vytvoření bioinformatického nástroje využívajícího probrané principy.

Řešení reálných problémů z oblasti bioinformatiky často vyžaduje pokročilé znalosti. I když je každý z řešených problémů obvykle specifický, některé pod-úlohy jsou společné, např. pokročilá analýza sekvenční podobnosti (s využitím sufixových stromů), zpracování sekvenčních dat, analýza rozdílů v expresy genů a jejich statistická významnost, atd. Cílem tohoto kurzu je studenta s těmito úlohami seznámit a připravit jej na budoucí povolání v této oblasti.

• Jones N.C., Pevzner P.: An introduction to algorithms in bioinformatics. MIT Press, 2004, ISBN 978-0262101066
• Zvelebil M., Baum J.: Understanding bioinformatics. Garland Science, London, 2007 ISBN 978-0815340249.
• Xinkun Wang, Next-Generation Sequencing Data Analysis, ISBN: 978-1482217889, CRC Press, 2016.
• UniProt URL: http://www.expasy.uniprot.org/
• Gene Ontology URL: http://www.geneontology.org
• Protein Data Bank URL: http://www.pdb.org/

• Zvelebil M., Baum J.: Understanding bioinformatics. Garland Science, London, 2007 ISBN 978-0815340249 UniProt URL: 

• UniProt URL: http://www.expasy.uniprot.org/

• Protein Data Bank URL: http://www.pdb.org/

1. Úvod, přehled problematiky
2. Různorodost molekulárních a odvozených dat
3. Genomy a vybrané způsoby analýzy genomových dat
4. UniProt a vybrané způsoby analýzy proteinových sekvenčních dat
5. Statisticko-informační a lingvistický pohled na bioinformatická data
6. Implementace algoritmů pro analýzu biologických sekvencí
7. PDB a vybrané způsoby analýzy strukturních dat
8. Gene Ontology a vybrané způsoby analýzy funkčních dat
9. Integrace dat z více zdrojů v genomice a proteomice
10. Nástroje a knihovny pro vývoj softwaru (Biopython)
11. Nástroje a knihovny pro vizualizaci (PyMol)
12. Bioinformatika a nanotechnologie: Mol. výpočty, sekvenace hybridizací
13. Další aktuální trendy

1. Analýza biologických sekvencí
2. Genome Browser, Biomart
3. Biopython a PyMol
4. R/Bioconductor
5. Tvorba integrovaného výpočetního nástroje

Návrh a vytvoření integrovaného výpočetního nástroje pro bioinformatiku a jeho demonstrace formou mini-konference.

Projekt, úkoly z počítačového cvičení.

Nejsou.