Detail předmětu
Bioinformatika
BIF Ak. rok 2008/2009 letní semestr 5 kreditů
Předmět uvádí studenty do základních principů molekulární biologie z pohledu informatiky, představuje výpočetní algoritmy pro analýzu biologických dat, uvádí jejich složitost a ukazuje směr, jak efektivně navrhovat metody nové. Zejména budou diskutovány následující oblasti: metody pro prohledávání biologických sekvencí, evoluční modely, způsoby konstrukce vývojových stromů, algoritmy pro rozpoznávání genů s využitím strojového učení a přístupy pro predikci 2D a 3D struktury proteinů. Výklad je doplněn praktickými ukázkami s využitím dostupných databází biologických dat.
Garant předmětu
Jazyk výuky
Zakončení
Rozsah
- 26 hod. přednášky
- 12 hod. pc laboratoře
- 14 hod. projekty
Zajišťuje ústav
Přednášející
Získané dovednosti, znalosti a kompetence z předmětu
Studenti budou schopni pracovat s rozsáhlými databázemi biologických dat a navrhovat nové efektivní algoritmy pro jejich analýzu.
Pochopení vztahu mezi počítači a vybranými molekulárními procesy.
Cíle předmětu
Porozumět základním principům v oblasti molekulární biologie z pohledu informatiky. Obdržet znalosti o používaných výpočetním algoritmech a přístupech. Získat schopnost navrhovat nové efektivní metody pro analýzu biologických dat.
Požadované prerekvizitní znalosti a dovednosti
Nejsou žádné prerekvizity.
Osnova přednášek
- Úvod do bioinformatiky
- Základy molekulární biologie z pohledu informatiky
- Nástroje molekulární biologie
- Databáze biologických dat
- Zarovnání sekvencí, dynamického programování, BLAST, FASTA
- Evoluční modely
- Konstrukce fylogenetických stromů
- Sestavování fragmentů DNA
- Genomika a rozpoznávání genů
- Proteiny a predikce jejich struktury
- Výpočet sekundární struktury RNA
- Proteomika, regulační sítě
- Polymorfizmus genů a diverzita
Osnova počítačových cvičení
- Databáze biologických dat
- Zarovnání sekvencí
- Konstrukce fylogenetických stromů
- Analýza struktury proteinů
Průběžná kontrola studia
Hodnocení studia je založeno na bodovacím systému. Pro úspěšné absolvování předmětu je nutno dosáhnout 50 bodů.
Nejsou.
Metody vyučování
Metody vyučování závisí na způsobu výuky a jsou popsány článkem 7 Studijního a zkušebního řádu VUT.
Kontrolovaná výuka
Půlsemestrální zkouška, projekt, úkol z počítačového cvičení.
Zařazení předmětu ve studijních plánech