Detail práce
Strojové učení v úloze predikce vlivu nukleotidového polymorfismu
Tato práce prezentuje nový přístup k~predikci efektu nukleotidového polymorfismu v~lidském genomu. Cílem je vytvoření nového klasifikátoru, který kombinuje výsledky již existujících softwarových nástrojů. Tohoto konsenzu nad dílčími výsledky je dosaženo experimentováním s~metodami strojového učení, přičemž výsledný model pak tvoří nejúspěšnější z~nich. Závěrečné komplexní srovnání výsledků metaklasifikátoru s dílčími nástroji ukazuje průměrné navýšení obsahu plochy pod ROC křivkou o 3,4 a eskalaci normované přesnosti až o 7\,\%. Vytvořený prediktor je zpřístupněn prostřednictvím webového rozhraní na adrese http://ll06.sci.muni.cz:6232/snpeffect/.
Deoxyribonukleová kyselina, protein, mutace, polymorfismus, predikce, trénovací dataset, strojové učení, konsenzuální predikce
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm "A".
- Zohlednil jste při vytváření trénovací sady pro metody strojového učení i skutečnost, že některé z nástrojů pro predikci vlivu nukleotidových mutací mohou mít s touto sadou nenulový průnik?
- Na obrázku 9.9 lze pozorovat, že v některých případech nově navržený konsensuální nástroj ohodnocuje věrohodnost výsledků predikce na 100%, i když věrohodnost jednotlivých nástrojů je nižší. Jak by jste tento výsledek interpretoval?
Bartík Vladimír, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Holík Lukáš, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Šaloun Petr, doc. RNDr., Ph.D. (VŠB-TUO), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
@mastersthesis{FITMT16983, author = "Ond\v{r}ej \v{S}alanda", type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce", title = "Strojov\'{e} u\v{c}en\'{i} v \'{u}loze predikce vlivu nukleotidov\'{e}ho polymorfismu", school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}", year = 2015, location = "Brno, CZ", language = "czech", url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/16983/" }