Detail práce
Vizualizace značených buněk modelového organismu
Tato diplomová práce, zabývající se zobrazením volumetrických (objemových) dat, má za úkol zobrazit a zvýraznit značené buňky modelových organismů v datech sejmutých konfokálním mikroskopem. Vstupní data tvoří jednolitý volumetrický celek složený z jednotlivých řezů, který je nutno vhodnou metodou zobrazit a poté identifikovat a zvýraznit buňky označené metodou GFP (Green Fluorescent Protein) nebo fluoreskováním chlorofylu.
Hlavním cílem této práce je nalézt pokud možno optimální efektivní metodu umožňující toto zvýraznění, pracující ideálně bez manuálního zásahu uživatele. Vzhledem ke struktuře dat je však tento cíl jen těžko splnitelný, proto postačí nalezení metody operující v manuálním režimu. Nakonec je třeba dosažené výsledky práce zaintegrovat do nástroje FluorCam pro zobrazování dat z dekonvolučního konfokálního mikroskopu.
volumetrická data, objemová data, zobrazení volumetrických dat, zobrazení objemových dat, volumetrické zobrazení, 3D textury, zobrazení biologických dat, Caenorhabditis elegans, GFP, Green Fluorescent Protein, FluorCam, GPU akcelerace, shader
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY FIT VUT), člen
Křena Bohuslav, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Racek Stanislav, doc. Ing., CSc. (ZČU v Plzni), člen
Smrž Pavel, doc. RNDr., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Vojnar Tomáš, prof. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
@mastersthesis{FITMT2672, author = "Radek Kub\'{i}\v{c}ek", type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce", title = "Vizualizace zna\v{c}en\'{y}ch bun\v{e}k modelov\'{e}ho organismu", school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}", year = 2007, location = "Brno, CZ", language = "czech", url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/2672/" }