Detail práce
Porovnání a převod databází signálních drah
Tato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz.
Signální dráha, databáze KEGG, KGML, databáze BioCarta, PID (Pathway Interaction Database), Graphviz, Levenshteinova vzdálenost, NCI (National Cancer Institute), NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Herout Adam, prof. Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Lukáš Roman, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Ráček Jaroslav, RNDr., Ph.D. (FI MUNI), člen
Vojnar Tomáš, prof. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Zbořil František, doc. Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
@bachelorsthesis{FITBT7028, author = "Pavel N\v{e}me\v{c}ek", type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce", title = "Porovn\'{a}n\'{i} a p\v{r}evod datab\'{a}z\'{i} sign\'{a}ln\'{i}ch drah", school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}", year = 2008, location = "Brno, CZ", language = "czech", url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/7028/" }